I – A autonomia territorial alcançada pelo Amapá foi questionada pela maioria dos políticos e empresários do Pará. Em função disso, o governador Magalhães Barata, em telegrama enviado ao presidente Getúlio Vargas, declara que a criação do Território do Amapá foi unilateral e desnecessária.
II – Não se procedeu de forma democrática. Não houve consulta plebiscitária, nem entendimento com o Governador do Estado do Pará, Estado do qual foram desmembradas as terras para constituir o Território Federal do Amapá.
III – Para governar o Amapá se manifestaram dois pretendentes, Emanoel de Almeida Moraes e Janary Gentil Nunes. Getúlio Vargas nomeia Janary, tendo em vista seus méritos militares, não haver exercido função civil e amplo conhecimento da região que iria governar.
IV – Houve um impasse quanto ao estabelecimento da capital do território, havendo uma capital de direito (Mazagão) e outra de fato (Macapá). Impasse esse resolvido pelo Presidente da República em Decreto- Lei que determinou que Macapá passasse a ser a capital do Território Federal do Amapá.