A Justiça Eleitoral tem uma peculiar organização no texto constitucional federal, sendo uma das ramificações da Justiça  da União, embora os Tribunais Regionais Eleitorais tenham coordenação realizada por magistrados que têm origem na  Justiça  dos  Estados  e  que  compõem  a  presidência  e  a  vice-presidência  desses  órgãos. Nos  termos  da  Constituição  Federal, são considerados órgãos da Justiça Eleitoral: 
Na composição dos Tribunais Regionais Eleitorais são designados magistrados originários da Justiça Federal Comum  que  podem  ser  juízes  que  integram  os  Tribunais Regionais  Federais  nos  locais  de  sede  desses  órgãos  ou  juízes  de  primeiro grau. Em qualquer situação, o órgão do Poder Judiciário responsável pela escolha do magistrado  federal a  integrar a Corte Eleitoral será o: 
Na organização interna dos Tribunais Regionais Eleitorais atuam magistrados de diversas origens, sendo que um deles será eleito Presidente do Tribunal. Consoante as normas constitucionais, tal cargo será ocupado por