Pessoas e órgãos da Administração Pública direta e indireta poderão negar documentos e informações requeridos diretamente pelo Tribunal de Contas do Estado sob a alegação de resguardo do sigilo.

O Tribunal de Contas do Estado não está obrigado a prestar informações, a quaisquer dos Poderes Públicos, sobre inspeções cujas conclusões ainda não foram julgadas ou aprovadas .

Em virtude da distinção entre controle externo e controle interno de fiscalização, é proibido ao Tribunal de Contas do Estado avaliar e pronunciar-se oficialmente sobre a eficiência e eficácia dos sistemas de controle interno dos órgãos e entidades por ele fiscalizados.

O Ministério Público que atua junto ao Tribunal de Contas do Estado é órgão vinculado, administrativa e funcionalmente, ao Ministério Público estadual.

Embora o Tribunal de Contas do Estado não seja órgão vinculado ao Poder Judiciário, os Conselheiros do Tribunal de Contas do Estado estão sujeitos ao mesmo regime jurídico de garantias e impedimentos dos Desembargadores do Tribunal de Justiça.