De acordo com a Lei nº 9.784/99, que regula o processo administrativo no âmbito da Administração Pública Federal, vamos analisar as afirmativas apresentadas:

1. A Administração tem o dever de explicitamente emitir decisão nos processos administrativos e sobre solicitações ou reclamações, em matéria de sua competência.
Verdadeiro. Conforme o artigo 2º da Lei nº 9.784/99, a Administração Pública tem o dever de explicitamente emitir decisão nos processos administrativos e sobre solicitações ou reclamações, em matéria de sua competência.

2. Concluída a instrução de processo administrativo, a Administração tem o prazo de até trinta dias para decidir, salvo prorrogação por igual período expressamente motivada.
Verdadeiro. De acordo com o artigo 49 da Lei nº 9.784/99, concluída a instrução de processo administrativo, a Administração tem o prazo de até trinta dias para decidir, salvo prorrogação por igual período expressamente motivada.

3. A lei estabelece previsão expressa, reconhecendo o direito subjetivo público de ingresso com mandado de segurança em caso de o prazo final de decisão administrativa não ser cumprido após a notificação da Administração pelo interessado, ainda que tenha sido deferido efeito suspensivo à decisão.
Falso. Não há previsão expressa na Lei nº 9.784/99 sobre o direito subjetivo público de ingresso com mandado de segurança nesse caso.

4. Ao órgão de instrução que não for competente para emitir a decisão final, é vedada a elaboração de relatório ou formulação de proposta de decisão, devendo o processo ser enviado de imediato à autoridade competente.
Verdadeiro. Conforme o artigo 13 da Lei nº 9.784/99, ao órgão de instrução que não for competente para emitir a decisão final, é vedada a elaboração de relatório ou formulação de proposta de decisão, devendo o processo ser enviado de imediato à autoridade competente.

Portanto, a alternativa correta é:

Gabarito: b) Somente as afirmativas 1 e 2 são verdadeiras.