Como o exercício do poder de polícia judiciária militar se dá, geralmente, por delegação da autoridade superior, cabe a ela – autoridade delegante – exercer o controle externo.

O controle externo da atividade policial judiciária militar é realizado pelo Ministério Público Militar e inclui o controle difuso e o concentrado.

É atribuição privativa dos juízes e juízas federais junto às Auditorias Militares exercer o controle externo da atividade da polícia judiciária militar.

O controle externo da atividade policial judiciária militar abrange o controle do poder disciplinar; portanto, as punições por faltas administrativas (transgressões disciplinares) devem ser necessariamente examinadas pelo Ministério Público Militar.

Para facilitar o controle externo da atividade de polícia judiciária militar, a autoridade detentora original da atribuição deve remeter ao Ministério Público Militar, até o quinto dia útil do primeiro mês do trimestre, relação com a indicação dos nomes dos oficiais que concorrerão à escala de Encarregado de Inquérito Policial Militar.